Doce años antes del inicio de la serie, el Zorro Demonio de 9 Colas Kyūbi, atacó la Aldea Oculta de Konoha causando una gran destrucción. El Cuarto Hokage, líder de la aldea en aquel entonces, se vio obligado a sacrificarse para sellar al demonio dentro de un niño recién nacido, llamado Naruto Uzumaki. El Lord Hokage fue recordado como un gran héroe, mientras que el joven Naruto creció rodeado por la desconfianza y el odio de los adultos de la aldea, que veían en él al destructivo Zorro de Nueve Colas. A los más jóvenes se les ocultó el hecho de que Naruto contenía al Zorro, quien se convirtió con el tiempo en un chico muy travieso y problemático sólo para llamar la atención de los mayores. Además, se propuso a sí mismo llegar a ser Hokage de la aldea oculta de la hoja para demostrar a todos que valía. Sin embargo, sus notas en la academia ninja eran penosas, porque solía pasar el tiempo haciendo el payaso, lo cual contribuía a que incluso sus compañeros no le tomaran en serio. Naruto falló el examen de graduación, y Mizuki, uno de los instructores de la aldea oculta de la hoja, consiguió convencerle de que si robaba un pergamino secreto donde se explicaban técnicas ninjas prohibidas y aprendía una de ellas, le aprobarían y podría ser un ninja. Lo que Mizuki en realidad pretendía era conseguir el pergamino para sí mismo, pero sus planes se vieron frustrados debido a que Naruto consiguió aprender el Jutsu Clones de Sombras Kage Bunshin no jutsu y le derrotó con ella. Gracias a este incidente Naruto comprobó que su maestro Iruka sí le apreciaba, y cambió su forma de ser para corresponder la confianza que Iruka depositaba en él.
Naruto es asignado con dos compañeros de su misma edad, Sasuke Uchiha, quien pronto se convierte en su rival y a quien besa al ser empujado por su compañero de atrás (lo que han recordado muchas veces), y Sakura Haruno,que esta enamorada de éste, aunque él la ignora siempre y Naruto a su vez ama a Sakura. Los tres forman el Equipo 7 y su maestro es el jōnin Kakashi Hatake. Tras una ardua prueba inicial con éste, la cual consistía en demostrar lo que Kakashi considera un gran requisito para se un ninja, tener como prioridad el bienestar de sus compañeros, se ganan la confianza de Kakashi y se convierten en el primer grupo aprobado por Kakashi en toda su vida. EL grupo empieza a realizar misiones de bajo rango, hasta que Naruto, irritado por no tener cosas interesantes que hacer, exige al tercer Hokage que les asigne algo de más nivel ninja. Debido a esto, su siguiente tarea en equipo parece ser en un principio una tranquila misión de rango C, que se torna en una peligrosa misión que les hará dar lo mejor de sí mismos, además de ponerlos al borde la muerte a todos. En un principio solo deben de escoltar al constructor de puentes Tazuna al País de la Ola. En su camino les ataca el jōnin renegado Zabuza Momochi y su compañero Haku: el magnate Gatō ha puesto precio a la cabeza de Tazuna puesto que si éste finaliza el puente para unir su país isleño con el continente, sus negocios se verán frenados. Durante la pelea final entre ambos bandos, se ve por primera vez como el sello que retiene al zorro deja salir algo de su chakra y cómo Naruto lo aprovecha para decantar la lucha en su favor, aunque sin poder controlar realmente ese poder. Tras la victoria del equipo 7, todos regresan a la aldea y allí descubren que en realidad la misión realizada es equivalente a una de rango A.
Tras algunas misiones, tiene lugar uno de los dos exámenes anuales para alcanzar el rango de chūnin en los que participan ninjas de todas las nacionalidades, que en esta ocasión se celebra en Konoha. El grupo de Naruto junto con sus antiguos compañeros de academia Ino, Shikamaru, Chōji, Hinata, Kiba y Shino, participan en la competición (recibiendo el sobrenombre de los nueve novatos). Participan también Neji, Rock Lee y Tenten, un año mayores que ellos, además de otros gennin de la aldea. El examen de ese año consta de tres pruebas, siendo las dos primeras en grupos y la última individual: Primera prueba: se trata de un examen escrito en el cual se les prohíbe copiar bajo pena de perder puntos o ser suspendidos inmediatamente junto al resto de su equipo. En realidad, el objetivo del examen es ver la habilidad de los examinados para copiar sin ser descubiertos, pues las preguntas del examen son demasiado complicadas para que un genin las responda. Por último se prueba su valentía enfrentándolos a una décima pregunta ante la cual se les ofrece la posibilidad de contestarla con el riesgo de fallarla y no poder presentarse nunca más al examen, o de retirarse para evitar ese riesgo. Todos los que simplemente aceptaron responderla fueron aprobados sin importar el resultado del examen escrito. Segunda prueba: los grupos restantes son enviados al Bosque de la Muerte. Cada grupo lleva un pergamino, bien del Cielo, bien de la Tierra, y han de llegar a una Torre en el centro del bosque habiendo conseguido uno de cada tipo (lo cual les obliga a luchar con otros grupos hasta encontrar el pergamino que necesitan) Durante esta prueba, uno de los sannin legendarios de Konoha, Orochimaru, ataca al equipo 7 y logra sellar el chakra de Kyūbi para que Naruto no pueda usarlo correctamente, además de lograr su objetivo principal, colocar su sello maldito a Sasuke, para que eventualmente le busque para obtener más poder y así convertirlo en su alumno. Esta prueba es finalizada a tiempo por un número inusualmente alto de equipos, por lo que se organizan una serie de combates preliminares que retiran a algunos de los personajes de la carrera por llegar a chūnin. Tercera prueba: esta prueba tiene lugar un mes luego la segunda y consiste en enfrentamientos de uno contra uno que no sólo sirven para determinar quien se convierte en chūnin, sino para que los señores feudales y líderes de otras aldeas puedan juzgar la fuerza y la habilidad de los distintos países a través de los combatientes de cada lugar. Cualquiera de los participantes pueden ser elegidos como chūnin, siempre que hayan demostrado ser merecedor del rango (sin importar si ganaron o perdieron los encuentros). La segunda prueba había sido superada por Naruto, Sasuke, Neji, Shino, Shikamaru, Temari, Kankurō , Gaara y Dosu (ninja de la aldea del sonido que Gaara mató la noche anterior a la tercera prueba), pero cuando el combate más esperado, el de Gaara con el del clan Uchiha acababa de empezar, comenzó la invasión a Konoha planeada por Orochimaru con la ayuda de la Aldea Oculta de la Arena, que fue traicionada cuando se descubre más tarde que Orochimaru había asesinado a su líder, el cuarto Kazekage.
Durante la invasión a Konoha, Sasuke persigue a Gaara por el bosque y posteriormente Naruto, Sakura, Shikamaru y Shino van en su ayuda. Cuando al fin logran alcanzarle, descubren que Sasuke está exhausto y Naruto comienza a pelear contra Gaara que se encuentra ya semi-transformado en Ichibi. A lo largo del combate Gaara usa una técnica para liberar completamente al Bijū, que fuerza a Naruto a invocar a Gamabunta(técnica q había aprendido en su entrenamiento con Jiraiya, antes de la tercera prueba).Pero apesar de todo naruto logra vencer a gaara simplemente con un cabezazo. Mientras esto ocurre, el tercer Hokage se enfrenta en una ardua batalla contra Orochimaru, su antiguo alumno. La lucha tiene lugar en el tejado de un edificio de la aldea, aislado por una barrera (que crearon unos sirvientes de Orochimaru que se llaman así mismos los 4 del sonido) para que nadie interfiera. Tras la confrontación, el tercer Hokage logra sellar los brazos de Orochimaru, usando la técnica que el cuarto usó con Kyūbi, para que no pueda hacer nunca más sellos, pero para ello debe pagar con su vida a cambio. Tras la derrota de los invasores y la muerte del tercero debe ser escogido un nuevo Hokage y en un principio se piensa en Jiraiya. Éste se niega y ofrece la posibilidad de escoger a la sannin Tsunade como la quinta Hokage.
Jiraiya emprende su viaje con Naruto para buscar a Tsunade y ofrecerle el puesto de quinta Hokage. Durante el viaje, Jiraiya decide enseñarle a Naruto la técnica Rasengan que fue creada por el cuarto hokage, Minato Namikaze. Para ello ha de realizar un entrenamiento de varias partes. Primero debe romper un globo de agua usando su chakra y haciéndolo girar dentro del globo a suficiente velocidad para romperlo. Descubre que es más fácil romperlo si usas ambas manos. La segunda parte consiste en romper esta vez un pequeño balón de goma (que no contiene agua en su interior), ya que esto requiere mucho más poder y concentración. Naruto logra al fin romper la pelota tras mucho intentarlo. Pero su Rasengan aún es imperfecto. Finalmente Jiraiya y Naruto encuentran a Tsunade y le ofrecen el puesto, que ella rechaza. Debido a esto, Naruto y ella tienen una pequeña disputa que deciden solucionar con una pelea para la cual Naruto usa su imperfecto rasengan. Al ver que no estaba perfeccionado, Tsunade reta a Naruto a aprender la técnica por completo en una semana, y ofrece como premio su collar. Naruto logra dominar la técnica usando uno de sus clones de sombra. Tsunade ahora se enfrenta a la difícil decisión de convertirse en Hokage o recuperar a su familia curando los brazos de Orochimaru, (el cual se lo había pedido días antes), aún sabiendo que si le curaba, éste volvería a atacar Konoha. Finalmente decide convertirse en la quinta Hokage y dejar de lado la propuesta de Orochimaru lo cual desencadena en una batalla entre los tres Sannin y sus invocaciones. La pelea termina con el sellado de la boca de Manda con el cuchillo de Gamabunta por parte de Tsunade. Tras la marcha de Orochimaru, ellos regresan a Konoha y Tsunade es nombrada quinta Hokage.
La nueva misión a la que se enfrenta el equipo 7 consiste en escoltar a Idate Morino en una carrera para decidir el futuro del país del Té. En medio del trayecto son atacados por tres ninjas de la Lluvia que estaban en el examen de chūnin, los cuales habían sido contratados por el rival de Idate. Durante el ataque, Naruto muestra sus grandes progresos gracias al entrenamiento con Jiraiya e Idate cuenta por qué se fue de Konoha y los problemas que tuvo su hermano mayor Ibiki Morino por ello. Durante el transcurso de la carrera se ven obligados a pelear contra Aoi, un ninja renegado de Konoha, pero Naruto logra vencerle con su Rasengan. Finalmente, Idate gana la carrera, en un gran final de fotografía. Idate Morino, vuelve a ver a su hermano Ibiki Morino cuando él va a buscar al equipo 7.
Sasuke se da cuenta de lo fuerte que se está haciendo Naruto y le incita para que peleen, pero la aparición de Kakashi les obliga a detener la pelea. A su vez Orochimaru envía a sus ninjas, los cuatro del sonido para que se encuentren con Sasuke y le inciten a irse con el sannin; tras su encuentro, el Uchiha se marcha de Konoha en busca de Orochimaru y su poder. Tsunade decide darle a Shikamaru su primera misión como chūnin, que consiste en reunir un equipo e ir en busca de Sasuke. El equipo de éste se encuentra con los cuatro del sonido y empiezan sus respectivas peleas para poder seguir tras Sasuke, chouji pelea con uno del sonido, neji pelea con otro del sonido y shikamaru pelea con la mujer del grupo del sonido, kiba y akamaru pelean con los gemelos del grupo. Tambien llega Rock Lee en ayuda de Naruto, quien enfrenta a Kimimaru para darle tiempo a Naruto de alcanzar a Sasuke. El equipo de la arena compuesto por Temari, Kankurō y Gaara llega para ayudar en la batalla, en virtud de la alianza que ahora hay entre sus aldeas. Mientras finalizan las batallas contra los ninjas de Orochimaru, comienza la batalla entre Naruto y Sasuke en el Valle del Fin, ambos durante la batalla van recordando su niñez y sus objetivos para así ganar más fuerza y afrontar las dificultades. La batalla empieza con una pequeña conversacion que tiene Naruto y Sasuke, en la que los dos se golpean mutuamente. Luego se produce un choque entre un rasengan de Naruto y un chidori de Sasuke, para lo que Naruto comprende que Sasuke estaba peleando en serio. Sasuke decide probar el sello maldito, activandolo a nivel 1, tomando ventaja en la batalla e intando rematar a Naruto con un segundo Chidori. Naruto, gracias a la fuerza de su Bijū logra ser lo bastante rápido para superar este nuevo poder, usando el chakra del zorro y sus clones de sombra para causar daño a Sasuke. Sasuke logra desarrollar su sharingan al tercer nivel, lo que le permite leer los ataques de Naruto, contrarrestando y noqueandolo. Naruto comienza a expulsar el poder del Kyubi, siendo rodeado por el chakra rojo de este y liberando la primera cola, superando a Sasuke de manera abismal, siendo inmune incluso a los jutsu de fuego que Sasuke usa para contra atacar. Sasuke decide usar todo su poder combinando su sello maldito 2 y el sharingan a nivel 3 tansformandose en demonio, y sabiendo que esa transformacion no duraria mucho decide acabar de una vez con la pelea. Naruto usa el chakra del zorro con una cola y hace su poder Rasengan y Sasuke prepara un ultimo chidori. Tras el choque entre el Rasengan de Naruto y el Chidori de Sasuke, éste último sale victorioso, pero muy malherido. Decide dejar a Naruto con vida y se marcha moribundo definitivamente de Konoha para ir con el sannin.
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